Tùy theo nguồn cung cấp năng lượng mà chia làm 3 hình thức photphoryl hóa cơ bản là:

-Photphoryl hóa quang hóa: Dùng năng lượng từ ánh sáng, xảy ra trong quang hợp, (photphoryl hóa vòng và không vòng).

-Photphoryl hóa oxi hóa: Dùng năng lượng từ các phản ứng oxi hóa tạo ra, có hai loại:

+Photphoryl hóa ở mức độ cơ chất: Do phản ứng oxi hóa trực tiếp cơ chất tạo ra năng lượng để tổng hợp ATP, gặp ở quá trình tạo ATP trong đường phân và chu trình Creps của hô hấp tế bào.

+Photphoryl hóa do vận chuyển e: Trong quá trình vận chuyển e, năng lượng giảm dần, e mất dần năng lượng, năng lượng đó thải ra được dùng để tổng hợp ATP.

-Photphoryl hóa thẩm: Năng lượng hóa thẩm tạo ra do sự chênh lệch gradien pH giữa hai phía màng dùng để tổng hợp ATP, gặp ở màng ti thể và màng thylacoid ở lục lạp.